科学家通过梦幻的睫毛化石复制出的超梦，在被小智与皮卡丘的“友情”暂时安抚后，沉入了深海休眠。但新的威胁降临——一支名为“起源基金会”的神秘组织从海底打捞出超梦的休眠舱，并用更激进的技术解除了它自我封印的记忆。超梦发现自己不仅有梦幻的基因，还被意外注入了另一只古代传说中的宝可梦“基拉祈”的许愿碎片。它开始分裂出三个不同的人格：复仇者、守护者与虚无者。三方人格在超梦体内发起内战，现实世界开始以超梦为中心发生“逆梦”——人和宝可梦的愿望全部反转，想变强的人变得懦弱，想回家的人永远在原地打转。小智必须进入超梦的意识海，同时面对三个超梦的质问：如果我是被许愿而生，那许愿的人是否要对我负责？最终小智没有用拳头而是用一个问题结束了战争：“你许过愿吗？不是为你自己。”
3D重制版在技术上绝对炸裂，超梦的意识海场景堪称当代动画的视觉奇观。最大的惊喜是剧本没有炒1998年的冷饭，而是把“克隆伦理”升级到了“造物主与被造物的双向许愿”。三个超梦的人格分裂设定让动作戏变成哲学辩论，而小智最后那个反问把整部电影从“谁是主人”拉回到了“谁在需要”。皮卡丘戏份很少但每次出场都是泪点。
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